El queso y el quesillo son productos fundamentales en la gastronomía de San Juan y tienen un papel destacado en la cocina regional. Son elaborados principalmente en zonas rurales, donde la producción de leche caprina y vacuna es una tradición. La producción de queso de cabra es muy importante en los departamentos de Iglesia, Jáchal y Valle Fértil. El quesillo con dulce de membrillo o de batata es un clásico de la zona. Se combina con miel de caña o arrope para darle un toque más dulce.
